经市科学技术进步奖评审委员会评审，市政府决定授予93项成果2009年度南京市科技进步奖，并依据规定对项目完成单位和主要完成人员予以表彰。根据《市政府关于表彰2009年度南京市科技进步奖获奖单位和个人的决定》（宁政发【2009】315号），南京地铁作为第一单位完成“南京地铁典型车站模式研究”和“南京地铁一号线运营风险控制关键技术研究”2项成果荣获2009年度南京市科技进步二等奖，“南京地铁综合管理信息化系统”和“轨道交通规划线网的修建顺序研究”2项成果荣获2009年度南京市科技进步三等奖。此外，南京地铁作为第二单位与南京市交通规划研究所有限责任公司联合完成“轨道交通与地面交通一体化衔接研究”获得2009年度南京市科技进步三等奖。