2009年7月6日夜间至7月7日上午10时，南京城持续特大暴雨。位于紫金山角下的二号线苜蓿园车站以及紧邻的小卫街车站防洪抢险压力巨大。7月6日凌晨4时，巨大的降水量以及紫金山上的大量积水从车站与房地产开发单位预留的通道内倒灌进了车站。各单位投入全部人力物力开始抢险。水泵全部启动，沙袋全部用上，在主要的设备用房门口筑坝、引流。7月7日10时，暴雨渐止，各单位仍丝毫不敢松懈，全面查看受淹情况，布置排水方案。7月7日12时，险情被排除。