2006年2月5日晨约6时，地铁控制中心接报部分车站自动售检票系统出现异常情况，随后全线各站车站售检票设备不能正常工作，受此影响单程票不能正常发售、储值票不能正常刷卡出站。地铁运营公司判断故障原因尚需要时间进一步分析查找，设备功能暂时难以重新恢复，为不影响市民出行，根据故障现象及时启动了发售纸票替代IC单程票，一卡通车票可刷卡进站、但出站不必刷卡、待故障恢复后再行更新的应急预案。经地铁及有关单位工程技术人员的努力，上午9时许故障原因找出，经过调整、测试后，至上午10：50全线自动售检票系统恢复正常运转，过程中地铁运行正常，车站内秩序井然。

　　据调查，本次故障原因是系统中某个参数运行紊乱所致，南京地铁已及时进行了维护和更新，同时地铁公司表示由于本次设备故障给部分市民搭乘地铁出行带来了不便和一定的影响深表歉意，并真诚地提醒受影响的一卡通卡用户请于七天内前往各车站对储值车票(IC卡)进行数据更新，以免影响日后顺利搭乘地铁。